Sekundárny metabolizmus zahŕňa chemické procesy v jednotlivých skupinách organizmov, ktorými sa produkujú a odbúravajú špecifické, nebielkovinové chemické látky (tvz. sekundárne metabolity). Môžu to byť rôzne obranné látky, signálne molekuly (hormóny), pigmenty, stavebné molekuly, ktoré vytvárajú skelet pre organizmus a podobne.